مواد آلی ترکیباتی هستند که از کربن تشکیل یافته و در مورد کودها به آن دسته از ترکیبات اطلاق می شود که از فضولات حیوانی و یا بقایای گیاهی تهیه شده باشند. کودهای آلی متنوع بوده و از مهم ترین آن ها می توان به کودهای حیوانی، کمپوست، ورمی کمپوست و مواد هیومیکی اشاره نمود. کودهای آلی سبب بهبود خواص فیزیکی و شیمیایی و فعالیت های زیستی خاک می شوند. با مصرف کودهای آلی، بخشی از عناصر غذایی موجود در آن ها می توانند بلافاصله در اختیار گیاه قرار گیرند و بخشی دیگر نیز در طول تجزیه به تدریج آزاد و جذب گیاه می شوند. به منظور اطلاق عبارت کود به مواد آلی، بایستی مجموع عناصر غذایی(برحسب ماده غذایی) در آن ها بیش از پنج درصد (موسسه تحقیقات آب و خاک) باشد.
کود حیوانی یا کود اصطبلی از سرگین و گمیز دام ها و کاه کلش مورد استفاده در بستر آن ها، تشکیل می گردد. این کود شامل دو بخش مایع و جامد می باشد که از لحاظ وزنی، بخش جامد آن سه برابر مقدار مایع آن است. نزدیک به نیمی از نیتروژن و پتاسیم و تمام فسفر کود اصطبلی در قسمت جامد آن متمرکز شده است، ولی از آنجا که گمیز دام ها دارای مقدار زیادی نیتروژن قابل جذب است، این مواد از جنبه اقتصادی دارای ارزش زیادی بوده و به همین دلیل باید کودهای حیوانی مورد استفاده به طور کامل فرآوری (پوسیده) گردد.
شیوه فرآوری کود حیوانی به شرح زیر می باشد: مکانی که جهت انباشته نمودن کود حیوانی قرار است مورد استفاده قرار گیرد می بایست سفت و غیر قابل نفوذ باشد. انباشته شدن کود حیوانی نپوسیده(تازه) بر روی یکدیگر، به طوری که عرض و ارتفاع آن به ترتیب کمتر از 3 و 1/5 متر باشد. معمولا در طول این توده محدودیت وجود ندارد، اضافه نمودن گوگرد به این توده به صورت لایه ای به مقدار 300 کیلوگرم در حجمی از توده که قرار است در یک هکتار مصرف گردد؛ پوشاندن سطح توده با یک لایه نازک از خاک؛ این توده می بایست از تابش مستقیم آفتاب، باد و باران در امان باشد. در شرایطی که امکانات مذکور وجود ندارد، به منظور جلوگیری از شستشوی عناصر غذایی توسط باران، روی توده توسط پلاستیک پوشانده شده و بعد از آن برداشته شود، برای بهبود وضعیت تهویه ای معمولا پس از دو تا پنج هفته توده مذکور بهم زده شود؛ رطوبت توده نیز می بایست در حد متعادل نگهداشته شود و از خشک شدن آن جلوگیری به عمل آید. در صورت خشک شدن، می بایست آن را مرطوب نمود و یا آن را با توده حیوانی تازه مخلوط نمود که در بیشتر موارد، محصول نهایی (کود حیوانی پوسیده) پس از چهار ماه آماده می شود.
ارزش غذایی کودهای حیوانی بستگی به نوع دام، علوفه مصرفی، نوع بستر، روش نگهداری دام ها و نحوه فرآوری دارد. برای مثال کود های حیوانی به طور میانگین 1/1 درصد نیتروژن، 0/75 درصد فسفر و 0/8 درصد پتاسیم دارند.
افزودن کودهای سبز به خاک فایده های زیادی دارد که مهم ترین آن ها افزایش مواد آلی، افزودن نیتروژن، ازدیاد فعالیت های زیستی و بالاخره نگهداری و حفظ قابلیت جذب (فراهمی) عناصر غذایی خاک می باشد. یک هکتار کود سبز به طور معمول بین 20 تا 50 تن شاخه و برگ و بافت گیاهی تازه را وارد خاک می کند که این خود برابر با 10 تا 20 تن کود حیوانی بوده و می تواند بین یک تا دو تن هوموس به خاک بیفزاید. در صورت کمبود کود دامی، یکی از بهترین راه های جبران مواد آلی خاک، استفاده از کود سبز می باشد. در بیشتر مواقع از گیاهان خانواده بقولات به عنوان کود سبز استفاده می شود. پیامد افزایش کود سبز، تشدید فعالیت میکروب های مفید خاک می باشد که این خود تصعید گاز کربنیک و آزاد شدن نیترات و دیگر عناصر غذایی را باعث می شود. باکتری های محرک رشد گیاه نظیر ازتوباکتر، حساسیت بسیار بالایی به مقدار کربن خاک دارند و هرچه مقدار این ماده بیشتر باشد، فعالیت آن ها نیز افزایش می یابد. کودهای سبز به دلیل رشد رویشی فوق العاده و ریشه های قوی، می توانند مقدار زیادی از عناصر غذایی را که در شرایط عادی بر اثر شستشو به اعماق پایین خاک حرکت کرده اند، جذب کنند. همچنین این گیاهان قادرند از فسفات های غیرمحلول، پتاسیم تثبیت شده و عناصر کم مصرف نیز استفاده نمایند. با برگرداندن این گیاهان به خاک، علاوه بر بهبود خواص فیزیکوشیمیایی و زیستی خاک، فراهمی و تسهیل آزاد شدن عناصر غذایی پرمصرف و کم مصرف نیز افزایش می یابد.
این موا شامل زباله ها، فاضلاب و ضایعات کشاورزی است. مقدار عناصر غذایی موجود در این مواد و ارزش آن ها برای گیاهان کمتر از دو گروه فوق الذکر می باشد. امروزه از خاک روبه ها و مواد زاید شهری در تهران، اصفهان و سایر شهرهای بزرگ کمپوست تهیه می شود. مقدار مواد غذایی موجود در فاضلاب تغییرناپذیر است و دگرگونی در ارزش غذایی این مواد بستگی به آماده کردن آن ها برای زراعت دارد.. امروزه در ژاپن و تایوان از فاضلاب شهرها، کود آلی تهیه و در سطح وسیعی در مزارع و باغ ها استفاده می شود.
کمپوست از لغت لاتین Compositus گرفته شده و به معنی به هم آوردن put together می باشد. ورمی کمپوست حاصل یک فرآیند نیمه هوازی است (حدود 80 درصد رطوبت) که توسط گونه ای خاص از کرم ها، قارچ ها، باکتری ها و اکتینومیست ها به طور هم زمان انجام می پذیرد. نوع کمپوست بر اساس ماده اولیه آن می تواند با کیفیت متفاوت تهیه شده باشد. کمپوست ها می توانند از بقایای گیاهی، فضولات دامی، فضولات مرغی و یا ضایعات قارچ خوراکی تهیه شوند. منتهی کمپوست با کیفیت مرغوب به طور معمول با درجه شوری پایین، از بقایای گیاهی با نسبت کربن به نیتروژن (C/N) پایین تهیه می گردد. در مقابل، درصورت استفاده از مواد بستر قارچ خوراکی و یا فضولات مرغی به ویژه فضولات مرغداری های تخم گذار، کمپوست حاصله دارای درجه شوری بالایی خواهد بود که با توجه به تنش خشکی حاکم در اراضی زراعی و باغی کشور، مصرف این نوع کمپوست ها نگران کننده می باشد.
کرم های خاکی به جرات مفیدترین جانوران خاکزی می باشند که در اصلاح خصوصیات فیزیکی خاک و بهبود شرایط تهویه و معادلات آبی آن نقش دارند. در اثر فعالیت این جانوران فرآیند کمپوست شدن بقایای آلی سرعت یافته و ترکیب مفیدی به نام ورمی کمپوست حاصل می شود که به مانند کمپوست اهمیت تغذیه ای و اصلاحی قابل توجهی دارد. ورمی کمپوست مواد حاصل از بستر رشد کرم بوده که پس از دفع شدن از سیستم گوارشی آن، در محیط باقی می ماند. بنابراین، این ماده مجموعه ای از فضولات کرم به همراه مواد آلی تجزیه شده و نیز اجساد کرم ها بوده که برای گیاه ارزش غذایی زیادی دارد. فرآورده ای که ورمی کمپوست خوانده می شود از لحاظ کیفی دارای مواد آلی بیشتری بوده و سرشار از اسیدهای آلی از جمله اسیدهیومیک و عناصر غذایی به شکل قابل جذب برای گیاه بوده و دارای هورمون های محرک رشد گیاه و آنزیم های مختلف باشد. این ترکیب از لحاظ ظاهری به صورت دانه ای شکل و تیره رنگ است.
ترشح اسیدهای آلی با وزن مولکولی کم توسط برخی از ارقام گیاهی یکی از همکارهای مهم در افزایش قابلیت دسترسی فسفر و روی خاک می باشد. اسیدهای آلی نظیر اسید سیتریک و اسید اگزالیک در شرایط کمبود عناصر غذایی فسفر و روی، نسبت به بقیه اسیدها به مقدار نسبتا زیادی از ریشه گیاهان آزاد شده و در افزایش حلالیت عناصر غذایی و از جمله فسفر در ریزوسفر شرکت می نمایند. بر اساس مطالعات انجام شده در این زمینه، اسیدهای آلی قادرند فسفر قابل دسترس را در خاک های آهکی از طریق کاهش Ph خاک، انحلال کربنات کلسیم، رقابت با فسفر در جذب روی سطوح کانی، رسوب کلسیم و آزادسازی فسفر از فسفات کلسیم و همچنین غیرمستقیم از طریق افزایش رشد ریزجانداران و تشدید معدنی شدن، افزایش دهند.
هورمون های گیاهی به ترکیبات آلی گفته می شود که در غلظت های بسیار کم قادر به کنترل فرآیندهای فیزیولوژیکی در گیاهان می باشند. هورمون های شناخته شده عبارتند از اکسین، جیبرلین، سیتوکنین، اسید آبسیزیک و اتیلن.
