با تجزیه مواد آلی ترکیباتی مثل آب، دی اکسید کربن و نیتروژن عنصری و نیز ترکیبات غیر آلی نیتروژن در خاک رها می شود. مواد کمپلکس تجزیه نشده (باقیمانده) با عمل پلیمریزاسیون و از طریق اتصال به نیتروژن تبدیل به مواد هیومیکی می گردند. هوموس محصول فعالیت میکروبی (باکتری ها، قارج ها، و قارچ های ناشناخته) در خاک می باشد. بنابراین ساختمان و ترکیب عنصری آن و تعداد گروه های عامل مواد هیومیکی بستگی به شرایط تشکیل (به خصوص محیط) آن دارد، زیرا فرآیند آن بسیار به فلور میکروبی خاک منطقه مورد نظر بستگی دارد. میکروب ها با تجزیه مواد آسان تجزیه شونده، مواد هیومیکی را به عنوان محصول نهایی تجزیه تولید می نمایند. مواد هیومیکی از تجزیه بقایای گیاهی در خاک حاصل می شوند. در منابع علمی گفته شده مواد لیگنینی منبع تولید هوموس می باشند. اما در حقیقت تمام اجزا مواد آلی از قبیل کربوهیدرات ها،پروتیین ها،چربی ها، واکس ها و رزین ها در تشکیل مواد هوموسی نقش دارند.
در مرحله اول میکروب های خاک مسئول تجزیه و تخریب مواد آلی می باشند. بسیاری ار میکروارگانیسم های هوازی که در خاک زندگی می کنند از مواد هیومیکی به عنوان منبع غذایی استفاده نموده و انرژی مورد نیاز خود را نیز از اکسیداسیون این مواد به دست می آورند. در تجزیه مواد آلی ابتدا مواد با وزن مولکولی کمتر سریع تر شکسته می شوند. این عمل بستگی به خصوصیات مولکولی ، حلالیت و سرعت انتقال آن به غشای سلولی میکروارگانیسم ها دارد.
هر ساله تقریبا در حدود %3 مواد هیومیکی خاک تجدید می شود. این بدان معنا است که در یک حالت تعادلی(شرایط بدون تغییر باقی می ماند) این مواد در خاک تجزیه شده و دوباره تشکیل می شوند. این اظهار بیشتر مربوط به بخش مواد هیومیکی ساده تجزیه شونده خاک می باشد. مواد هیومیکی پایدارتر، با وزن مولکولی زیاد برای مدت های بیشتری حتی تا قرن ها بدون تغییر باقی می مانند. خصوصیات فیزیکی و شیمیایی، رشد و نمو گیاهان و فون میکروبی خاک مستقیما بستگی به طبیعت، هیومیفیکاسیون و کمیت و کیفیت مواد هیومیکی خاک دارد. معمولا اکسیداسیون و یا مقدار زیاد اکسیژن در خاک سبب عدم تعادل مواد هیومیکی می شود. میزان مواد هیومیکی خاکی که مرتب در معرض کشت و کار می باشد، به طور معنی داری کمتر از خاک های بکر می‌باشد. شدت اکسیداسیون گروه های عامل(کربوکسیل و فنول) با کشت و کار افزایش می‌یابد. هنگامیکه عمل احیا افزایش یابد ، مقدار مواد هیومیکی با وزن مولکولی متوسط و نیز میزان گروه های عامل دارای اکسیژن ،کمتر می شوند. در شرایط احیا شدید، بقایای گیاهی تجزیه شده و هوموسی شدن کاهش می یابد. تغییرات نوع گیاهان تاثیر معنی داری روی میزان مواد هوموسی خاک دارد. در امریکا مواد هوموسی خاک در زمینی که به مدت فقط 30 سال به تنهایی ذرت کشت می شد به میزان64 درصد کاهش یافت /بنابراین تعادل در تشکیل و تجزیه مواد آلی را نمی توان توسط روابط ساده شیمیایی تخمین زد.
